沙眼衣原体感染是近年来才发现的性玻因此，在生活中提高人们对沙眼衣原体的认识，自觉地进行自我防护，才会降低整个社会的发病率。
1.杜绝性乱：无论是对沙眼衣原体感染，还是对其他性病，都是最主要的预防措施。生活作风严谨，不参与淫乱嫖娼，不涉足婚外性行为，才能从根本上防患于未然。
2.要注意个人卫生：个人的洗浴用品、毛巾独自使用;不穿借别人的内衣、泳衣;外出期间不洗盆塘;尽量使用坐式马桶，上厕所前洗手。这些做法可以减少接触感染的机会。
3.配偶患沙眼衣原体感染期间要禁止性生活：现代医学有许多药物可以治疗沙眼衣原体感染，而且用药方便，患者只需坚持治疗就会很快恢复健康。治疗应在夫妻之间同时进行，妇女患病可能没有明显症状，不要因为没有症状就拒绝治疗而成为隐性传染者。
4.孕妇如果感染沙眼衣原体可以用红霉素治疗：治疗后复查，确认治好后才能从阴道分娩。
首选阿齐霉素250mg每日1次，连服7天，或用强力霉素100mg每日2次，连服7日。复方新诺明亦有效。
另外近年来新开发的对各领域的感染症广泛使用的新药喹诺酮类，在治疗衣原体方面临床效果较好，其中常用的药物有氧氟沙星（OFIX），环丙沙星（CPFX），洛美沙星，利福平治疗效果也较好。