泌尿生殖系的感染对精子的活力，精子的发生及精子的运输等均可产生影响，从而导致男性不育。泌尿生殖系感染所引起的炎症性破坏和纤维化是造成男性不育的重要原因。因而目前临床上所遇到的不同原因的男性不育可能与这些泌尿系感染有关。
衣原体、支原体的泌尿生殖系感染对于精子的影响是男性不育的因素之一。
衣原体能对精子的发生与成熟起对抗作用，据一些资料报告应用电子镜技术在不育男性的精液、睾丸内、附睾中均发现沙眼衣原体，精子形态明显异常，曲线精管的管腔被不成熟的生精细胞所阻塞，其基膜被破坏，有大量纤维增生。
附睾的纤毛缺失，附睾管腔中充满膜性残余物。因此，认为衣原体感染对睾丸及附睾有破坏作用。衣原体不仅能吸附在精子表面，而且可进入精子内部，造成精子膜和顶体破坏。
在免疫性不育中，沙眼衣原体抗体阳性率也比较高，其机理可能与白细胞增多并吞噬精子，且又大大增加了精子抗体与白细胞的接触机会，使精子产生抗精子抗体。
对于支原体是如何影响精子的活力及生育能力，目前不甚明确，但学者认为可能为下列途径：
（1）精子正常生理功能的影响，支原体感染引起的附睾炎和慢性前列腺炎将会影响精子的正常功能，大量支原体吸附于精子上，使精子变得臃肿，使精子前进阻力增大，影响精子的活力及穿透卵子能力。支原体吸附于精子上也影响了卵子对精子的识别。
（2）氨的毒性作用：解脲支原体的一个特征是生长时需要并利用尿素，尿素的分解产物胺及其随之产生的碱性环境具有致病性。
（3）支原体感染影响精子的代谢，支原体无细胞壁，当支原体吸附在宿主细胞表面时，支原体胞浆内有毒物质直接纳入宿主细胞而引起细胞的损伤和破坏。
（4）解脲支原体可产生神经氨酸酶样物质干扰受精。