一、阴茎发育不良和阴囊后阴茎
阴茎发育不良极为少见（文献中至今只报道了３６例），而且可伴发其它泌尿生殖器官的异常和肠道下部异常。此种异常系外生殖器胚胎发育中的障碍所造成，目前尚无满意的药物或手木治疗能使其阴茎具备完善的功能，因此应当果断地决定将其性别确定为女性，并用手术切除其睾丸，作人工阴道成形术。于青春期时开始应用雌激素，以促进其形成女性习惯和第二性征。
发生于阴囊后的阴茎（即“阴囊后阴茎”），其表现开始时和阴茎发育不良十分相似。文献中已经报道的阴囊后阴茎病人共１５例。此种病人也可伴有尿道异常：阴茎在解剖上可能是正常的，但其位置却是异常的。这也可能反映了不同程度的胚胎发生障碍。对部分病入来说，应用外科手术可能将阴茎复位于阴囊前部。
二、双阴茎
双阴茎是一种少见的男性外生殖器异常，估计每出生５５０万人仅出现１例双阴茎者。Wilson１９７３年在一篇综述中引证了１０８例此种病人。典型的双阴茎患者，仅有一个阴茎有功能，并有尿道，因此，只有在给病人进行详细的泌尿系检奎，弄清尿道开口以后，才应作适当的外科手术治疗。
三、小阴茎
虽然许多父母对自己孩子阴茎的大小都很关心，但实际上小阴茎并不常见。严格地说，小阴茎是在胚胎中形成的，它主要表现为大小的异常，而并非形状的异常。小阴茎的尿道口位置是正常的，可区分阴茎的头部和体部；睾丸的大小可能是正常的。小阴茎的病因尚不清楚，不过有时似乎与妊娠后第４～９个月期间雄激素分泌不足有关。在某些情况下，小阴茎也可出现于其他疾患中，这些疾患表现为下丘脑或垂体的异常（例如无脑畸形，先天性垂体缺如，Prader-Willi氏综合症，Kallman氏综合症和Meckel氏综合症）或是睾丸异常，或是染色体异常；而另一些小阴茎病人也可见于健康婴儿。