(一)子宫性闭经
先天性阴道及(或)子宫缺如或发育不良均可引起原发性闭经。睾丸女性化(男性假两性畸形)是一种罕见的遗传性家族性疾病，由于体表形态为女性，常因无月经而来妇科就诊。性染色体核型为46，XY。过度的刮宫或严重的感染如结核等造成内膜损伤或粘连，哺乳时间过长使子宫内膜萎缩等，均可引起续发性闭经。
(二)卵巢性闭经
因卵巢病变引起的闭经。先天性卵巢缺如或性腺发育不良(Turner氏综合征，约占原发闭经者的12～20%。多由于性染色体异常所引起，主要核型为45、XO由于性染色体异常，卵巢不能正常生长和发育。因此，卵巢呈条索状纤维组织。典型的临床特征为身材矮小、蹼颈、肘关节外翻、智力低下、后发际低及第二性征不发育等。继发闭经可因卵巢功能早衰、手术切除、放射治疗后以及卵巢男性化肿瘤等。后者可伴男性化特征，如多毛及阴蒂肥大等。
(三)垂体性闭经
发生在青春期前的垂体肿瘤可导致原发闭经。但多见于继发闭经患者。主要因垂体受损引起功能不全，较常见于产后大出血伴休克、严重的产后感染或弥漫性血管内凝血(DIC)时，致垂体前叶缺血坏死，随之出现功能减退、闭经，亦称席汉氏综合征。此症除影响FSH外，还可累及TSH和ACTH的分泌，因而还可出现其他相应的症状，如消瘦、消化不良、畏寒、乏力、性器官萎缩、基础代谢低及毛发脱落等。
垂体肿瘤可发生于蝶鞍内或外，可因机械性压迫或因肿瘤本身的异常功能导致闭经、性机能减退及其他有关症状，如视野障碍、头痛、泌乳和肢端肥大症等。
(四)下丘脑性闭经
下丘脑受中枢神经系统控制，过度精神紧张、忧虑、恐惧、生活环境改变，均可引起中枢神经系统与丘脑下部功能失调，出现闭经。特别是年青妇女。卵巢功能尚不健全，更易出现紊乱现象。常首先表现在排卵功能异常而出现闭经。
多囊卵巢综合征多引起月经稀发或继发闭经，由于月经失调、无排卵，体内雌激素分泌过多，可伴有不孕、多毛有肥胖等，双侧卵巢呈多囊性增大，可比正常大1～3倍，有坚韧感。卵巢包膜肥厚，皮质下出现多数发育不同程度的滤泡。子宫内膜呈不同程度的增殖状态。现多认为多囊卵巢是下丘脑-垂体功能障碍所引起的无排卵的结果，以卵泡发育并停留在各个不同阶段为结局。
其他如严重营养不良，特别是神经性厌食症、消耗性疾病、严重贫血等，都可影响下丘脑GnRH的合成分泌，而引起闭经。长期服用某些药物如：利血平、氯丙嗪、眠尔通及避孕药等，也可引起闭经。垂体瘤患者除影响GnRH合成分泌外，还可使PIF及多巴胺受抑制，出现闭经及泌乳，称闭经泌乳综合征。
(五)其他内分泌腺异常
肾上腺、甲状腺及胰腺等功能紊乱时也可影响月经。例如：肾上腺皮质功能亢进或减退、甲状腺功能亢进或减退以及糖尿病等，都能通过丘脑下部影响垂体功能而引起闭经。