引起闭经的原因比较多，常见的有以下几种：
第一，疾病。消耗性疾病，如重度肺结核、严重贫血、营养不良等；特有的内分泌疾病，如“肥胖生殖无能性营养不良症”等；体内一些内分泌腺的影响，如肾上腺、甲状腺、胰腺等功能紊乱。由于这些因素的影响，常常不来月经。凡是这几种情况引起的闭经，只要疾病治好了，月经也就自然来潮。
第二，生殖道下段闭锁。如子宫颈、阴道、处女膜、阴唇等处，有一段先天性闭锁，或后天损伤造成粘连闭锁，虽然有月经，但经血不能外流，这种情况称为隐性或假性闭经。生殖道下段闭锁，经过医生的治疗，是完全可以治愈的。
第三，生殖器官不健全或发育不良。有的人先天性无卵巢，或卵巢发育不良，或卵巢损坏，不能产生雌激素和孕激素，因此子宫内膜不能发生周期性的变化，也就不会出现子宫内膜脱落，所以也就没有月经来潮。也有的先天性无子宫，或子宫内膜发育不良，或子宫内膜损伤，即使卵巢功能健全，雌激素和孕激素的分泌正常，也不会来月经。
另外，结核性子宫内膜炎及脑垂体和下丘脑功能不正常等也会造成闭经。引起下丘脑功能失调的原因很多，如精神刺激、悲伤忧虑、恐惧不安、紧张劳累，以及环境改变、寒冷刺激等。由下丘脑引起的闭经比较多见。
月经是指子宫内膜周期性变化而出现的周期性子宫出血。正常月经周期是由丘脑下部－垂体－卵巢轴各个环节的内分泌功能所调节，如果任何一个环节发生障碍就会发生月经失调，有时导致闭经。不论是原发性和继发性闭经，其发生的原因既有共同之处也有不同之处。控制正常月经周期的主要环节有四个，某一环节发生故障就会出现闭经：
一、子宫性闭经
闭经的原因在于子宫，月经调节功能正常，卵巢有功能，但子宫内膜对卵巢不能产生正常的反应，故称子宫性闭经。引起子宫性闭经的常见疾病有：
（一）子宫内膜损伤或粘连综合征常发生在人工流产后、产后出血或流产后出血刮宫以后，多是由于刮宫过度，损伤了子宫，造成宫腔粘连，出现闭经。
（二）子宫内膜炎最常见的导致闭经的子宫内膜炎是结核性子宫内膜炎，其他流产后或产后严重的子宫内膜炎也可发生闭经。
（三）子宫发育不全或缺如由于副中肾管发育不全或不发育而致子宫发育不全或不发育，往往表现为原发性闭经。
（四）子宫切除后或子宫腔内放射治疗后因生殖道疾病切除子宫后或因某些子宫恶性肿瘤经腔内放射治疗破坏子宫内膜后而出现闭经。