引起闭经的原因有：
内分泌腺异常;肾上腺、甲状腺及胰腺等功能紊乱时也可影响月经。例如：肾上腺皮质功能亢进或减退、甲状腺功能亢进或减退以及糖尿病等，都能通过丘脑下部影响垂体功能而引起闭经。
卵巢性闭经：因卵巢病变引起的闭经。先天性卵巢缺如或性腺发育不良，约占原发闭经者的12～20%。多由于性染色体异常所引起，主要核型为45、XO由于性染色体异常，卵巢不能正常生长和发育。因此，卵巢呈条索状纤维组织。典型的临床特征为身材矮小、蹼颈、肘关节外翻、智力低下、后发际低及第二性征不发育等。继发闭经可因卵巢功能早衰、手术切除、放射治疗后以及卵巢男性化肿瘤等。后者可伴男性化特征，如多毛及阴蒂肥大等。
子宫性闭经：先天性阴道及(或)子宫缺如或发育不良均可引起原发性闭经。睾丸女性化(男性假两性畸形)是一种罕见的遗传性家族性疾病，由于体表形态为女性，常因无月经而来妇科就诊。性染色体核型为46，XY。过度的刮宫或严重的感染如结核等造成内膜损伤或粘连，哺乳时间过长使子宫内膜萎缩等，均可引起续发性闭经。
下丘脑性闭经：下丘脑受中枢神经系统控制，过度精神紧张、忧虑、恐惧、生活环境改变，均可引起中枢神经系统与丘脑下部功能失调，出现闭经。特别是年青妇女。卵巢功能尚不健全，更易出现紊乱现象。常首先表现在排卵功能异常而出现闭经。
垂体性闭经：发生在青春期前的垂体肿瘤可导致原发闭经。但多见于继发闭经患者。主要因垂体受损引起功能不全，较常见于产后大出血伴休克、严重的产后感染或弥漫性血管内凝血(DIC)时，致垂体前叶缺血坏死，随之出现功能减退、闭经，亦称席汉氏综合征。
避孕药：妇女服避孕药，特别是长效避孕药，因其能抑制子宫内膜的生长而使月经过少，甚至闭经。但这种现象一般是暂时性的，大部分妇女停药后可自动恢复月经。故对原有月经过少、稀发，排卵稀少的未孕妇女不宜使用口服或肌注避孕药法避孕，而应采取其他方法避孕。