由于小儿的生理特点与成人不同，很多成人能用的药物，即使在减小剂量的情况下小儿也不宜服用。
如常用的抗过敏药和抗眩晕药盐酸异丙嗪，易致幼儿惊厥，所以3个月以下小儿禁用；马来酸氯苯那敏，易致儿童烦躁、焦虑、入睡困难和神经过敏，2岁以下儿童慎用；盐酸苯海拉明对中枢神经系统有较强的抑制作用，新生儿、早产儿禁用；氢溴酸东莨菪碱有抗胆碱作用，10岁以下儿童慎用。抗酸药西咪替丁、盐酸雷尼替丁、法莫替丁等，其大部分从肝、肾代谢，8岁以下儿童禁用。胃动力药多潘立酮（吗叮啉），可致1岁以下小儿发生中枢副作用，故1岁以下小儿慎用。驱肠虫药阿苯达唑、甲苯达唑，其大部分从肝、肾代谢，2岁以下儿童禁用；双羟萘酸噻嘧啶，其大部分从肝、肾代谢，1岁以下小儿禁用。
外用药对小儿来说也不是绝对的安全。如新霉素滴耳剂可致婴儿听力受损，故婴幼儿慎用。成人用滴鼻净小儿使用可能引起中毒，甚至危及生命，不可使用。氢化可的松软膏、醋酸曲安奈德软膏（皮康霜），可致毛细血管扩张，皮肤色素沉着，皮肤干燥及萎缩，伤口愈合延迟，紫癜等，婴儿慎用。喹诺酮类药物（沙星类）口服应用有可能影响软骨的生长发育，因此我国规定18岁以下的未成年人不宜应用。
中成药一般认为小儿服用比较安全，往往会掉以轻心。其实，不少中成药小儿也不宜服用。如藿香正气水，因含酒精，故小儿禁用；仁丹因含朱砂，故婴幼儿及儿童忌服；麻仁润肠丸，因其可致泻，儿童不宜长期服用；龟鹿二仙膏因易致鼻出血、烦躁等，小儿忌服。六神丸是由珍珠粉、牛黄、麝香、雄黄、蟾酥和冰片等中药组成，其中蟾酥有剧毒，婴幼儿服用不当易中毒，可出现胸闷、心慌、心律不齐等症状，此外还常有恶心、呕吐、口唇发麻，严重者可出现神志不清、抽搐或惊厥甚至中毒死亡；六神丸中的雄黄，其主要成分为三硫化二砷，遇热易分解氧化，变成有剧毒的三氧化二砷，即俗称的砒霜，其毒害作用可影响到神经系统、消化系统、造血系统和泌尿系统等。因此，婴幼儿最好不用六神丸。
近年来研究证明，花粉制剂成分复杂，除含有蛋白质、氨基酸、碳水化合物、脂肪、维生素、无机盐等营养成分外，还含有许多药效成分及性激素。如芝麻花粉中含有孕酮、雌二醇、睾酮、促黄体素、催乳素等人体激素；油菜花粉中总黄酮类、谷甾醇、总胆固醇含量较高。玉米花粉、高粱花粉、蚕豆花粉中黄酮甙的含量每100克均在800毫克以上，总甾醇类化合物每100克花粉含量均在2000毫克以上。用油菜花粉喂养小鼠15天，幼雌鼠的卵巢、子宫重量会显著增重，说明花粉所含的为量不多的性激素类物质能呈现出显著药理作用。因此认为，不应把花粉制品作为滋补品向儿童、青少年推荐，以免引起儿童服用后可能会出现性早熟及其他生理功能方面的失调，给身心发育带来不良影响。