性交疼痛的病因很多，当出现此症时，应及时进行检查。
激素紊乱。绝经和哺乳期的激素变化是性交疼痛的常见原因。绝经后，由于雌激素水平下降，使阴道壁变薄、弹性减小，润滑性能也下降，所有这些都会产生性交疼痛;在哺乳期，促使产奶的激素也使身体内的雌激素水平下降，致使阴道干燥。使用阴道润滑液可以帮助这两个时期的妇女减轻性交疼痛。
感染。感染通常导致分泌物增多、有异味和排尿疼痛等。但感染的开始症状往往是性交疼痛。阴道感染会减少润滑，使性交时或性交后产生疼痛。常见的有酵母菌感染和滴虫病。深部疼痛可能是由于膀胱感染。一些由性行为传染的疾病造成的感染也是造成性交疼痛的另一祸首。例如，性交时腹部疼痛可能是衣原体感染的症状。它是一种不易觉察的性病，有时可以隐藏5—10年。如不加治疗，可导致盆腔感染性疾病，使性交更加疼痛。一旦诊断明确，大部分感染可以通过服用抗生素或使用抗菌涂剂来治疗。
子宫内膜异位。这种疾病就是子宫内膜的组织“移民”到了盆腔，并在那里建立“定居点”生长繁殖起来。异位的组织继续保持它在子宫内的行为，即周期性的加厚、脱落、出血和结疤，从而导致剧烈疼痛。如今，大多数子宫内膜异位症的患者可以通过药物和手术进行治疗，疗效不错。
间质性膀胱炎。这是一种慢性膀胱感染导致严重的盆腔疼痛，性交时更加厉害。它往往容易和尿道感染相混淆，因为它也导致尿频、尿急。但是它更难以诊断和治疗，且大多数患者也有过分敏感症。虽然导致间质膀胱炎的原因还不十分清楚，但治疗的方法很多，包括用一些尿路消炎药、止痛药等。
神经问题。神经问题经常发生在生育或做盆腔手术后，盆腔神经受到损伤。生育或子宫切除术会经常伤害神经导致疼痛。抗抑郁药和抗惊厥药可以控制神经痛。
精子过敏。它的一般症状是阴道疼痛、有灼烧感，并且可以持续到性交后数天。有些妇女还会发生荨麻疹、哮喘、呼吸困难甚至危及生命。最简单的治疗办法是使用避孕套;另一种脱敏治疗是给妻子注射从丈夫精液中提取的蛋白质，从最少量开始，然后慢慢增加，以达到脱敏目的。