性交疼痛的性治疗包括心理治疗和行为治疗，是女性性功能治疗不可避免的治疗方法。性治疗在西方已较普及，很多夫妻能自行处理和解决他们的程度较轻的性功能障碍，所以目前临床上所见到的性功能障碍要比十几或二十几年前复杂得多。但在国内，很多夫妻缺乏最基本的性知识，遇到问题又讳疾忌医，结果只能长期默默忍受疾病的折磨。
治疗首先应指导他们学习性知识及性技巧，使女性知道阴道上有许多皱褶，阴道有很强的伸展性，可以容纳任何大小的阴茎，甚至在生孩子时可以通过胎儿，所以不必为男子阴茎的大小而担忧。使男性知道，女性在性交前需要由男性的亲吻、爱抚等准备活动来激发女性的性冲动，才能使阴道变得润滑，使阴茎易于插入。在性活动中男方禁忌强行、粗暴地插入阴茎，最好由女方将阴茎纳入阴道。
充分认识到性和谐和性相容的重要性。告诉病人心理因素在性反应中的重要影响，性活动是双方的协调活动，与双方的情绪和情感有密切关系，如果女方情绪不佳，不想参加性活动或夫妻感情不和时，最好避免性活动。虽然大多数情况下它还不会造成严重疼痛，如果一旦同时存在某种局部疾患、过度焦虑之类的心理因素，或既往遭受过消极的或痛苦的经历，或近期遭遇重大心理创伤如痛失亲人时，过早过深地插入或强行性交便会给妇女带来疼痛和心理伤害。也可以说先有致痛的疾患或消极的经历，然后对所发生的问题逐渐失去控制，性反应减弱，焦虑则不断加重，最后形成恶性循环。一般说来器质性因素常使疼痛集中在某个固定的区域，而心理因素造成的疼痛则具有游走性和时轻时重的特点，当然，心因性疼痛点也可能固定，需要注意鉴别。认知疗法：对患者进行正确的性教育，改变她们关于性的不合理理念，建立正确的性观念：性是正常的生理及心理需要，性是夫妻生活中十分重要的一环，是男女双方的事，明白夫妻感情在性活动中的重要意义，懂得性生活对人类的真正价值和意义。
行为治疗：主要包括性感集中训练、凯格尔训练等系统脱敏疗法等。若病人自己在性交开始时先限制阴茎的插入或过深的插入，有助于缓解和减轻性交疼痛的发生，这就提示病人可能存在心理方面或婚姻关系方面的其他问题的可能性，它们的影响可单独存在，也可叠加于已存在的器质性因素上，除治疗器质性疾病外，应安排性感集中训练等行为治疗以求解决并存的其他问题。
治疗应最大限度地减少并发的器质性因素，如使用包括局部麻醉剂在内的使交感神经紧张释放缓解的药物。一旦获得一定程度的舒适与缓解，就可以采用治疗阴道痉挛时经常用的阴道松弛训练方法：让病人在充分松弛的情况下向阴道内插入手指的做法，如果插入引起不适或疼痛，就停止下来继续放松，然后再插入，如果训练很顺利，可尝试插入2指或3指，直至真正性交时也不会引起疼痛为止。