性交造成生殖器损伤的情况是较少见的，即使发生也多因生殖器存在潜在的异常。但话又说回来了，性传播疾病的发生多与生殖器损伤有关，因为损伤才使病原微生物得以进入患者体内，当然这种损伤是轻微的，往往是肉眼难以发现的。我们这里谈的可都是非常明显的损伤。
1、尿道──激烈的性交往往使某些男子发生尿道炎，特别是患者具有包茎、个人卫生差、或女方有阴道炎时。尿道会有触痛，有时有尿痛，通过显微镜检查和培养可以作出诊断和鉴别其病因。
2、尿道损──长时间的激烈的性交或对尿道施加压力过大的女对男口交可以引起尿道创伤和伴发的疼痛。由于尿道海绵体在勃起时充血变硬，所以容易受到损伤。在阴茎根部使用负压吸引装置或理疗环等性器具以增进或延长勃起时可能损伤尿道。事先早已存在的尿道炎、尿道结石、尿道憩室、尿道狭窄等异常均可增加尿道损伤的可能性。
3、阴茎皮肤创──常见于咬伤，潜在的包皮异常和使用性工具。尤其是器具的使用可使远端出现水肿后往往难于或无法取下器具。除非拖延过久出现坏死，大多数可以完全恢复。有时因尿道水肿严重引起排尿困难，可能需要使用2号导尿管或行耻骨上膀胱造口术。
4、包皮嵌──发生于包皮过长过紧的男子，当包皮后退到龟头后的冠状沟时，由于龟头充血和包皮水肿，包皮无法回到原来位置。这时应限制对龟头的血液供应，因此需要立即去医院处理这一问题。
5、睾丸损──一般来讲，睾丸白膜可以承受50千克的力而不破裂，加上它的可移动性和位置深在，所以性交时造成睾丸损伤的机会是少见的。如果真的出现损伤，很可能是睾丸被挤到耻骨或腹股沟区域。如果怀疑睾丸出血或白膜破裂，应去医院进行外科手术探查和修补。通常可以保存其生精功能和激素分泌功能。根据病史和睾丸触痛，或存在表面的破裂，诊断不应困难。先前若存在附睾炎或鞘膜积液均会因睾丸在性交中的活动而造成性交不适。
6、阴茎异常勃──很少发生于性交时间过久和动作过于剧烈的情况下。果然出现这一病症时应该进行血象检查以除外镰状细胞贫血和白血病等。还应追问有无神经疾患史、创伤史、特殊药物史。