丘脑下闭经是最常见的一类闭经。由于丘脑下功能失调而影响垂体，进而影响卵巢而引起闭经。其病因复杂，可由于中枢神经器质性病变、精神因素、全身性疾病、药物和其他分泌功能紊乱而引起。
精神、神经因素：精神创伤，如过度紧张、恐惧、忧虑等，可导致中枢神经与丘脑下之间功能失调，并通过丘脑下部——垂体——卵巢轴，使排卵功能障碍，影响卵泡成熟而致闭经。
营养不良症：由于营养失调或某些消耗性疾病如肠胃功能紊乱、严重肺结核、严重贫血、血吸虫病、疟疾等，引起全身性营养不良以致影响丘脑下部的促性腺激素释放激素与生长激素的合成与分泌，从而抑制促性腺激素、性腺功能减退而导致原发或继发性闭经。
药物抵制综合征：有些妇女注射长效避孕针或口服避孕药后导致继发闭经。常见于妇女原有月经失调或流产后过早服用避孕药，其药物抑制了丘脑下部和垂体的功能。但常是可逆的，一般停药3——6个月即可自然恢复。
闭经溢乳综合征：患者除闭经外还有持续性分泌乳汁，内生殖器萎缩等。丘脑下部生乳素抑制因子或多巴胺减低可导致异常泌乳，促性腺激素释放激素分泌不足而导致闭经。导致溢乳的原因很多，如口服避孕药或长期服利血平、氯丙嗪、眠尔通等都可引起闭经溢乳综合征。
多囊卵巢综合征：患者主要表现闭经、不孕、多毛、肥胖、双侧卵巢增大，黄体生成素(LH)/卵泡刺激素(FSH)比值偏高，卵巢分泌的雄烯二酮和睾酮量增多，雌激素相应减少，以致无排卵，出现闭经。
其他内分泌功能异常：肾上腺、甲状腺、胰腺功能紊乱也可引起闭经。常见的疾病有甲状腺功能亢进和不足，肾上腺皮质功能亢进，肾上腺皮质肿瘤等。