由于内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，故称它为“巧克力囊肿”。此病症会导致不调、痛经、性交疼痛以及不孕不育等。那么如何治疗巧克力囊肿呢？
1、保守治疗，对于病例症状较轻、囊肿很小或病情已自动缓解的女性卵巢巧克力囊肿者，肿可以进行药物保守治疗，使其缩小至完全消失；另外，口服避孕药对于预防巧克力囊肿的复发有一定效果。
2、药物疗法，当女性在诊断出卵巢内患有混合性包块时，可根据具体病情进行一到两个疗程的保守治疗，之后再做B超复查，假如包块有缩小可不用手术治疗，假如包块没有改变或者有长大，就就需要考虑手术治疗了。
3、中医疗法，中医学认为人体是一个统一的整体，疾病的产生大都是因为身体内阴阳发生失衡所导致的。在中医中最常见的治疗卵巢巧克力囊肿的方法就是艾附囊肿贴，它主要是遵循治病求本的原则，以疏肝理气，扶正因本，活血化瘀，软坚散结，清热解毒为治疗思路。
4、手术疗法，当前使用最多的治疗女性卵巢巧克力囊肿的手术方法在临床上常见的就是宫腹腔镜联合技术，此种治愈率可高达98%左右，而且在治疗手术后容易恢复，对女性的伤害极小，恢复后女性便会有继续生育的能力。
很多女性在被确诊为巧克力囊肿后，医生的建议往往是手术切除。但无论哪种手术都会损伤人体的元气，做过巧克力囊肿剥离术的患者，手术一侧的卵巢功能会有所下降，严重的会影响卵泡的发育和成熟，导致不排卵，对于生育期女性极为不利。无论哪种治疗方法都有利弊，患者一定要咨询相关医生选择合适的治疗方法。