预防衣原体感染的根本措施在要提倡安全性行为（包括安全套的使用），杜绝非婚性接触，洁身自好。病人在患病期间不从事可能扩散疾病的职业，如保育员、护理及浴室工作等。在医院及托儿所等处，如发现工作人员患病及入托幼儿有外阴阴道炎，要注意观察。为防止间接传染应分开使用体温表，对浴室、毛巾及床单等应进行消毒。
为预防性伴间相互感染，性伴任何一方患有本病未彻底治疗之前，应避免性生活，若有性生活则必须使用安全套，并应严格分开使用毛巾、脸盆、床单等可致传染的物品；污染物可煮沸消毒或使用消毒剂。
避孕措施可改变沙眼衣原体感染的传播和并发症的发生。不使用任何避孕方法或使用安全期避孕法对感染不起任何保护作用。使用屏障避孕法（如安全套），如方法正确且坚持使用，可使衣原体感染率降低一半以上。阴道隔膜加杀精剂也可起一定的保护作用。而口服避孕药可能增加生殖道沙眼衣原体感染的易感性。因此使用安全套等屏障式避孕措施是预防生殖道沙眼衣原体感染的有效方法。
在体外，衣原体的生存能力差，衣原体对热敏感，其传染性在６０℃１０分钟完全丧失，在３７℃４８小时内即显着下降，在４℃仅能良好存活约２４小时。在室温下，乙醚３０分钟、０。１％福尔马林２４小时以内、０。５％石炭酸２４小时以内，均可完全灭活衣原体。因此，煮沸或使用化学消毒剂很容易将沙眼衣原体杀灭。此外，许多市售的消毒剂（包括洗液和喷雾剂）也能有效杀灭体外的沙眼衣原体。
总之，生殖道沙眼衣原体感染是一种性病，可引起尿道炎、宫颈炎等多种临床表现，导致不育症、异位妊娠等后果，并可通过母婴传播而影响优生优育。同时，这种疾病的治疗效果很好，而且个人预防也并不困难。