导致闭经的原因十分复杂，有因脏腑功能失常，也有因器官器质性病变，更有因他病而致者。临床上可分为虚、实两种。
(1)肝肾不足：少女闭经多由先天禀赋不足，肾气末盛，肝血虚少，冲任不充，无以化生经血而致闭经；而妇女多因多产房劳，或久病及肾，致肾精肝血不足，冲任俱虚，胞宫之血下溢而致闭经。
(2)气血虚弱：脾胃不健，化源不足，或饮食劳倦，忧思过度，损伤心脾；或大病、久病、失血，或哺乳过久，致营血亏耗，冲任血虚，无血化生而致闭经。
(3)阴虚血燥：素体阴虚，或失血阴亏，或久病、劳瘵，过食辛燥伤阴，阴虚生热灼伤营阴，血海枯涸而发为闭经。
(4)气滞血瘀：七情内伤，气结血滞，或经期产时，血室正开，外伤风寒或内伤生冷，血遇寒而瘀滞；或邪热灼阴，阴伤于涩。气滞血瘀相因为患，冲任瘀滞，胞脉阻隔，而致经水不行。
(5)痰湿阻滞：肥人多湿，复因脾阳失去温煦，湿聚成痰，阻滞冲任，胞脉壅塞而经水不行。
除上述原因之外，一些先天性生殖器官发育异常或后天器质性损伤也会导致闭经，如先天性无子宫、无卵巢，或卵巢后天损坏，或垂体肿瘤：或子宫颈、阴道、处女膜、阴唇等处先天性缺陷，或后天性损伤造成粘连闭锁，经血不能外溢等；产后大出血致垂体梗死(即席汉氏综合征)，长期服用避孕药物等也会引起闭经。