1.性伴侣没有治疗，成为重要的传染源和引起复发的重要原因。
2. 雌激素作用：雌激素是HPV致病的重要辅助因素之一，很多性病学者都有这样的经验—孕妇感染HPV 后，病变发展迅速，疣体体积增大明显，数量多，治疗困难，治疗后复发率更高，产后则尖锐湿疣可以明显消退。雌激素受体与HPV 感染和CA 的发生也有一定关系。
3.患者的细胞免疫功能异常：尖锐湿疣患者的自然杀伤细胞活性降低，特别是病程长于6个月的CA患者NK活性显著低于病程小于3个月的CA患者，表明CA患者NK活性的降低与CA的病程有密切关系。
CA患者机体产生γ-干扰素和白介素2的能力降低，提示患者的细胞免疫功能降低。另外复发患者CA病灶内Langerhans细胞数量减少，使得对表皮细胞内HPV抗原的呈递作用减弱，使得机体难以产生强有力的HPV特异性免疫应答，这也成为某些尖锐湿疣复发的原因。
4.治疗不规范：包括外用药物和物理治疗两方面。外用去除尖锐湿疣的药物用量过少未能去除疣体基底部;外用药物过量损伤了正常的皮肤粘膜，形成水肿、糜烂或溃疡，使病毒扩散;物理治疗范围过小，虽然去除了肉眼可见的疣体，但是疣体周围亚临床感染的病灶没有治疗;物理治疗深度不够，没有清除疣体的基底部分;一些小的或者不典型的尖锐湿疣皮损在治疗中被忽视和遗漏。
5.存在HPV亚临床感染和潜伏感染：所谓亚临床感染是指已经感染HPV病毒、但还没有长出疣体，需要借助放大镜、阴道镜、尿道镜或3%～5% 的冰醋酸外涂后才能观察到病变区域。
由于亚临床感染缺乏肉眼可见的形态学改变，因此很容易漏诊。尖锐湿疣亚临床感染是从HPV感染到发展成CA的一个中间过程。