尖锐湿疣的病原体是人类乳头瘤病毒，简称HPV。该病毒主要感染上皮细胞，只有人是它的宿主。由于病毒颗粒没有包膜，难似抵抗灭活、冰冻、干燥，在温暖潮湿的环境下特别易生存。HPV在电子显微镜下观察呈球型，由外壳和中心两部分构成。其外壳是由72个壳微粒组成，排列成20面体，核酸与衣壳共同组成核衣壳；中心是病毒的脱氧核糖核酸，病毒颗粒的直经是50一55 nm。
人类乳头瘤病毒在人体的组织细胞内以复制的方式繁殖，不能在体外细胞培养中生长，因而限制了对它的研究。近年来，使用核酸杂交技术对HPV进行分型。目前已知可把它分为60多个亚型。人体上所有的疣病变几乎都是HPV引起的，但不同部位和不同型态的疣由不同的HPV所致。引起尖锐湿疣的亚型多达30种以上，其中HPV-6为最主要的致病病毒，其次为HPV―11、HPV-16、HPV-18，也与尖锐湿疣的发生有关。