难点一：妊娠期尖锐湿疣。孕期由于受性激素水平，疣体比正常人易增大、增多。
对策：孕早期(3个月内)，可用清热解毒燥湿的中药大黄、黄柏、苍术等煎水泡洗。如要终止妊娠，应先祛除宫颈、阴道壁等处疣体后再行人工流产。妊娠中后期，长在外阴处的疣体可用CO-2激光治疗，若在阴道内和宫颈口，则可用中医中药控制，分娩时采用剖腹手术，产后再对疣体进行治疗。
难点二：巨大型尖锐湿疣。失治、误治后发展而成。一般情况下，巨大湿疣的基底部较宽，所以治疗前一定要弄清疣体基底的位置和大小。
对策：局麻下切除疣体，然后再对基底部进行CO-2激光治疗，去除残留的疣体和受感染的皮损。如果基底较宽，可清理修整创面后再缝合伤口。
难点三：尖锐湿疣的复发。去除肉眼可见的外生性疣体并不困难，困难的是如何防止治疗后的复发。
对策：1、去除疣体要干净彻底。2、去除疣体后，一定要辅以局部和全身治疗。3、避免再感染。忌婚外性生活，配偶一定要做相关检查排除HPV感染。
难点四：肛门、尿道口、宫颈口的尖锐湿疣。发生在这些部位的湿疣，一旦治疗不彻底，极易在短时间内复发;点药、冷冻或CO-2激光治疗过度，又会引起局部的粘连和狭窄。
对策：肛门部位可借助肛窥镜查看并清除;尿道口则可借助小儿鼻窥镜或尿道镜查看并清除;宫颈口的尖锐湿疣可借助于阴道镜进行检查。治疗时，肛门、肛管内的湿疣可用CO-2激光治疗或用点涂剂治疗;尿道口的湿疣用CO_2激光治疗时，注意不要损伤尿道口括约肌和防止术后尿道口粘连狭窄。
临床上75%以上的病人，都是在治疗后一个月内复发。若治疗后半年不复发，则基本确定已治愈。因此，在半年之内，一定要坚持复诊。