在选择尖锐湿疣的治疗时应以有效、简便、安全、不引起疤痕为治疗尖锐湿疣的基本原则。
尖锐湿疣的局部药物治疗：为目前最常采用的方法，疗效较肯定。
①0. 5%鬼臼毒素酊
可抑制表皮细胞有丝分裂，并引起组织坏死，且副作用小。每日涂药2次，3天为一疗程，重复用药需间隔4天或4天以上。主要副作用为局部轻度红斑、水肿、糜烂、和疼痛。
②10%～25%足叶草脂酊（或乙醇液）
作用机理同鬼臼毒素，但刺激性大，可致全身吸收毒性反应。孕妇及小儿禁用。
③ 5%的5-氟尿嘧啶
有软膏和溶液制剂，外用时应注意保护正常皮肤。用于治疗男性尿道内疣时待膀胱排空后用喷管注入霜剂12ml或用棉棍涂布，每日4次，治疗后扩张尿道以免粘连。用于阴道湿疣时将5%药液浸湿纱布，塞入阴道，2小时取出。
④25%～50%三氯醋酸溶液
此药不被粘膜和皮肤吸收，可用于孕妇尖锐湿疣的治疗。 每日1次，连用4～6天，间隔1周可再用。
⑤中药制剂（派特灵）
此药由中国科学院研制，为纯中药制剂，通过细胞毒性作用抑制疣体细胞增殖，并对HPV病毒有抑制和杀灭作用。每天2次用药3天，停药4天为一疗程，祛除疣体及亚临床感染需3-4疗程，防止复发用50倍稀释液湿敷患处。该药比较安全，局部不良反应少且轻。使用方便，疗效明显，祛除疣体后复发率低，是目前治疗尖锐湿疣的一种有效的新疗法。
⑥咪喹莫特
是一种新型外用的免疫调节剂，通过诱导机体产生干扰素起到抗病毒和抗肿瘤能力，每周3次用药，共4个月疗程。