HPV有多种类型，引起尖锐湿疣的主要类型为HPV1、2、6、11、16、18、31、33及35型等，其中HPV16和18型造成的长期感染可能与癌变的发生有关。中医根据患者的体质和尖锐湿疣的疣体大小，并结合全身症状，常将尖锐湿疣分为3型，即湿热下注证、外染毒邪证和气血瘀滞证。
中医治疗尖锐湿疣通常是根据不同的病变类型，进行辨证论治以及加减治疗。
湿热下注型尖锐湿疣常发生于素体肥胖，阴部潮湿的患者;外染毒邪证常发生于不洁性交的患者;而气血瘀滞证主要见于湿疣日久，疣体灰暗的患者。
中医认为湿热下注证是由于肝胆湿热下注，循经流注阴部所致，故此时中医治疗尖锐湿疣宜清利湿热，解毒消疣。
此时，尖锐湿疣的治疗常采用方药如下：苍术10g，黄柏10g，生苡仁30g，土茯苓30g，丹皮10g，通草10g，泽泻10g，马齿苋30g。中医治疗尖锐湿疣湿热重者，可加入龙胆草10g;大便不通者，可加入芦荟10g。
中医认为血瘀滞证是由于毒邪结聚日久，阻滞气机，致气血瘀阻所致，故此时中医治疗尖锐湿疣宜理气活血、化瘀散结，所以对于尖锐湿疣的治疗常用方为桃红四物汤加减：桃仁10g，红花10g，川芎10g，当归10g，白芍10g，丹参10g 蜂房10g，柴胡10g，夏枯草30g。
中医治疗尖锐湿疣气虚者，可加入生黄芪30g，补气解毒，提高机体免疫力;疣体坚硬者，可加入生龙牡各30g，以软坚散结。
中医认为外染毒邪证是由于外染毒邪，毒气蕴滞所致，故此时中医治疗尖锐湿疣宜清热解毒。
临床上此时的对于尖锐湿疣的治疗常用方药为去疣三号方加减：马齿苋60g，败酱草15g，紫草15g，大青叶15g，木贼草15g。另外，中医治疗尖锐湿疣皮损灰暗，或病程较长，可酌加蜂房、丹参、红花等活血化瘀之品。
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