内分泌是性欲低下病因的重要方面，人体性激素依靠各种分泌机制完成，男子性腺功能低减，睾酮水平下降，势必会影响性欲，导致性欲低下。艾迪生病、高泌乳素血症、甲状腺功能减退、甲状腺功能亢进等内分泌疾病，都会影响睾酮水平不同程度的下降，而导致性欲低下，但实际上，这类患者性欲低下只不过是病变的早期表现，其大多数都会出现其他严重病情或更严重的性功能障碍疾患。患者应提高警惕。
艾迪生病：又称原发性慢性肾上腺皮质功能减退症，是因肾上腺本身的慢性疾病而致的肾上腺皮质激素分泌不足的一较少见的内分泌疾病。多见于成年男性，肾上腺皮质激素分泌不足，睾酮水平降低，患者可有性欲低下、乏力等表现，随着病情的进一步发展，患者可有全身严重乏力，休息后不易恢复，胃肠功能紊乱，消瘦，皮肤粘膜色素沉着，心血管症状、阳痿等严重病情表现。
高泌乳素血症：是男性继发性性腺功能低减的一个常见原因，高泌乳素血症的男子很少有溢乳，也没有任何特别的临床表现。泌乳素能抑制垂体卵泡刺激素和黄体生成素分泌，当乳素升高到一定程度，可导致雄激素缺乏和性腺功能低减，因而导致性欲低下，或其他性功能障碍疾患。
男性甲状腺功能减退：由于患者甲状腺激素缺乏，能量代谢低下，肌肉软弱无力，80%性欲减退，40%～50%患者有程度不等的勃起功能障碍，多伴多发性神经炎，甚至部分患者可能有轻度睾丸萎缩，睾酮分泌减少。
男性甲状腺功能亢进：由于患者甲状腺激素分泌增多，引起能量代谢增高、交感神经兴奋性增强，或伴多种内分泌改变，躁狂、焦虑、抑郁，使患者产生多种形式的性功能改变。约30%～40%的患者性欲减退，40%患者发生勃起功能障碍;约10%～20%发生性欲亢进，特别是青春期发病病情较轻的患者。