内分泌性阳痿是由于器质性疾病导致的一种阳痿，占全部阳痿的8%~9%，导致内分泌性阳痿的原因包括性腺功能地下及高泌乳素血症两种，其中性腺功能低下是由于肥胖、酗酒、双侧隐睾、睾丸炎、睾丸损伤等原因引起睾酮水平低下所致的。
睾酮对维持男性的性欲、第二性征和勃起能力起到了重要作用，因此当睾酮水平下降时病人就会出现身体形态的改变和第二性征的改变，或者说男性身上会出现女性的特征，睾丸回缩(长度小于4cm)，性欲低下或缺乏，勃起能力减弱或消失。下丘脑-垂体-性腺系统的任何一个环节出了问题，都可能导致睾酮水平降低或性腺功能低下，部分可能导致阳痿，包括原发性睾丸疾患，会导致睾酮水平降低而促性腺激素水平则明显增高，继发性性腺功能低下是由下丘脑或者垂体功能异常所导致的促性腺激素水平降低引起的。
男性在酗酒、极度肥胖或存在甲状腺功能障碍的情况下，应注意检测游离睾酮水平，因为总睾酮水平减低可能与睾酮结合蛋白水平低下有关，而并非真的内分泌紊乱，睾酮测定除了需要检查总睾酮水平外，还包括游离睾酮和可生物利用睾酮水平，而可利用睾酮水平又包括游离的及与白蛋白结合的睾酮，可生物利用的睾酮要比游离的睾酮易测量，只要用硫酸铵把睾酮结合球蛋白沉淀掉即可。