药物治疗在的临床治疗中起着重要的作用，而抗湿疣药物种类繁多，治疗机理各不相同，使用不当反会加重肝脏负担，因此应该选择性应用。一般临床中常用的药物有如下几种：
足叶草酯(尤脱欣、鬼臼毒素、疣迪)：适用于湿润区域的湿疣，如发生在龟头及会阴部的湿疣。宫颈尖锐湿疣不能用足叶草酯治疗。概要是国外用于本病治疗的首选药物，一般一次可愈。但有很多缺点，如对组织破坏性大，使用不当可引起局部溃疡;毒性大，主要表现为恶心、白细胞及血小板减少，心动过速、尿闭或少尿，故使用时必须谨慎。
10%~25%足叶草酯安息香酊(或乙醇液)：作用机制理同鬼臼毒素，但刺激性大，可致全身吸收毒性反应。图要钱需用凡士林防护正常皮肤黏膜，涂药后2小时用肥皂水清洗患部，每周1次，每次用量应限于0.5ml以下，用药面积小于10平方厘米。孕妇及小儿禁用。
抗病毒药：可用5%酞丁胺霜剂，或用0.25%疱疹净软膏，每日2次，外涂。阿昔洛韦口服，每日5次，每次200㎎，或其软膏外用。α-干扰素每日注射300万U，每周用药5天或干扰素300万U注入疣体基部，每周2次。连用2~3周，主要副作用为流感样综合征，局部用药副作用较少且轻微。
腐蚀剂或消毒剂：常用的有30%~50%三氯醋酸或饱和二氯醋酸，或18%过氧乙酸，用于龟头、肛周湿疣，每日或隔日一次，效果甚好。消毒剂可用20%碘酊外涂，或用新洁尔灭外涂或以0.1%~0.2%外敷，后者需配合全身疗法。
在此提醒广大病友，在应用抗病毒药的同时，还应注意查明导致肝、肾功能不良的副作用，才能达到保护身体健康、清楚体内病毒的目的。