尖锐湿疣经治疗后，疣体可完全消失，但复发率相当高。国内资料显示，3个月内复发率为30%～60%；国外资料显示，6个月内复发率为30%～70%。 尖锐湿疣的复发可以说是让病人最头痛的问题之一。从广义上讲，尖锐湿疣病人在经过治疗，消除了肉眼可见的疣体后半年至1年内，重新出现新生的疣组织，都可视为复发。
它包括三种情况：①邻近或远隔部位处事潜伏感染的皮损，因肉眼看不到而“逃避”了治疗，以后逐渐生长成为可见的赘生物。②通过直接或间接的途径再次感染，也包括自身接种者。③治疗后皮损未能彻底消失，一段时间后又在原位形成新的皮损，即原位复发，这也是狭义上复发的概念。 人们对预防复发已有不少研究，但却忽视了对心理因素的研究。事实上，很多尖锐湿疣是因为患者心理状况不佳而复发。经调查发现，反复发作的尖锐湿疣患者有较明显的抑郁、恐怖、焦虑等情绪。
容易导致复发的心理因素主要有：①长时间治疗给患者肉体上和经济上带来双重压力。②尖锐湿疣通过性接触传染，往往造成夫妻性生活不协调，还有家人不理解、朋友不理睬等，使患者长期处于不良情绪体验中。③有的患者伴有严重的食欲下降及睡眠障碍，对周围的一切毫无兴趣，终日神情恍惚，甚至有自杀倾向或行为。这些心理因素致使机体抵抗力明显下降，形成“复发一负性情绪体验一抵抗力下降一复发”的恶性循环。
除心理因素外，尖锐湿疣复发还有下面这些原因：①亚临床感染及潜伏感染的存在。②机体免疫功能低下。③性行为：据国外学者调查，累计性伴数以及5年内的总性伴数多的人，尖锐湿疣的发病率和复发率明显较高。此外，还与首次性交年龄有关系，首次性交年龄小于19岁者，尖锐湿疣的复发率显著增高。④妊娠期妇女：妊娠期感染的发展速度很快，皮损数量多且大，治疗后复发率很高，产后则明显消退，这可能与妊娠期体内雌激素水平升高有关。⑤包茎、包皮过长、局部有炎症、卫生条件差、多种性病病原体感染、吸烟、饮酒、嫖娼、卖淫、不使用避孕套等，都是尖锐湿疣复发的危险因素。 患有尖锐湿疣时，除了及时治疗，去除造成复发的各种危险因素外，还应保持轻松、乐观的态度。
下面一些调节心理的方法可参考：①参加一些健康有益的活动，如听音乐、下棋、郊游、适当的体育锻炼、朋友聚会等，这样做的目的是分散注意力。②有睡眠障碍者，可在医生指导下服用适量的镇静、抗焦虑药物。③开诚布公地与家人沟通，必要时一起参加有关性病知识的学习，以取得他们的谅解、支持和关心，营造一个温馨、充满爱的环境，保持心情轻松、愉快。 如果不能通过自己的途径有效解决心理上的问题，应该到心理门诊寻求帮助。心理医生会根据每个人的不同心理状态进行心理辅导。未经过专门心理学培训的性病科医生，一般只能就有关专业问题进行解答、释疑。