一、激光治疗：对外阴、肛门周围等表浅的湿疣合适;它的特点是见效快，在治疗的当时，疣体即可脱落。常用的是二氧化碳激光，烧灼疣体，一般1次即可使疣体脱落。但是，由于激光的光束过于集中的原故，激光治疗只适用于疣体较小的尖锐湿疣，如疣体较大，激光治疗很容易复发。治愈率可达80%。
二、手术刮除法：治疗时左手将病变部位的皮肤或粘膜绷紧，或手持消毒刮匙自根部稍用力将病变组织刮除;关彻底清除创面的残余病变组织，然后用33%三氯醋溶液或纯碳酸溶液或3%氯化铁液涂局部。
三、药物治疗：对于较小较少的损害。(1)5%5-Fu软膏5-Fu是一种常用的抗肿瘤药物，它能抑制细胞的增殖，力量较为温和，一般需治疗2～3周。(2)醋酸：三氯醋酸是一种强酸，可用来烧灼疣体，一般用于治疗Ⅱ型病变。
涂抹前先用棉球醮2%的卡因贴敷于病变局部3￣5分钟后，用棉签醮50%三氯醋酸涂抹病变，使药液达基底部;涂药时注意勿伤及周围粘膜组织，经期勿用;每周用药2次。或用20%柳酸冰醋酸外搽。
四、微波治疗：这是进入90年代后兴起的治疗方法。它的原理是利用微波的高频震动，使疣体内部水分蒸发，坏死脱落。微波治疗的特点是，疣体破坏彻底，不易复发，但创面恢复较慢，容易继发感染。所以微波治疗特别适用于治疗疣体较大的，孤立、散在的，同时要远离系带的，以防损伤包皮系带，影响男性的性功能。
五、手术切除：对带蒂的较大、孤立的疣体可考虑手术切除。尖锐湿疣一般不主张手术切除，因为手术治疗后，尖锐湿疣很容易复发，使治疗失败。但对带蒂的较大的疣体或疑有恶变者，可考虑手术切除。有的患者尖锐湿疣生长过于迅速，或大如菜花，其他治疗十分困难，可考虑手术治疗。为防止复发，术后配合其他治疗。根据疣块、覆盖面积，选择病灶切除或外阴切除。
六、冷冻治疗：液氮或二氧化碳干冰冷冻，使疣组织(即皮肤损害局部)坏死。尖锐湿疣是由于尖锐湿疣病毒的感染，导致皮肤粘膜的良性增生。它有大量的小血管，增殖迅速。用冷冻的方法可使尖锐湿疣内结冰，形成组织局部的高度水肿，从而破坏疣体。