细菌是引起脓尿的主要原因，以杆菌最常见，大肠埃希菌占60％－80％，其次为副大肠杆菌、变形杆菌、葡萄球菌、粪链球菌、产碱杆菌、产气杆菌。复杂性肾盂肾炎常见绿脓杆菌。少数情况两种或两种以上细菌同时感染称混合感染。除细菌外，霉菌、原虫（丝虫）、埃及血吸虫、滴虫、包虫、巨病毒（儿童易出现）等。
正常人的尿中只含少量的白细胞，新鲜清洁的中段尿，经离心沉淀作镜检，通常100万者为异常；1小时尿白细胞计数>40万者为脓尿。
脓尿的程度按尿中含白细胞的数量而定，一般可分为镜下脓尿和肉眼脓尿。引起脓尿的病因较多，但大致可分为泌尿生殖系统疾病及其临近器官和组织疾病两大类。泌尿生殖系统疾病包括如下6类：
1.肾脏疾病：肾盂肾炎、肾脓肿、肾乳头坏死、肾结核、肾结石、肾肿瘤、髓质海绵肾、肾小球肾炎、各种继发性肾病等。
2.输尿管疾病：输尿管结石、肿瘤、巨大输尿管、结核、炎症等。
3.膀胱疾病：膀胱炎症、结核、结石、肿瘤、异物等。
4.尿道疾病：尿道炎症、结石、肿瘤、异物、憩室、狭窄、尿道旁腺炎或脓肿、龟头炎、包茎炎等。
5.前列腺疾病：前列腺炎症、脓肿、肿瘤等。
6.精囊疾病：精囊炎症、脓肿等。
泌尿生殖系统邻近器官和组织疾病包括：肾周围蜂窝组织炎或脓肿、输尿管周围炎或脓肿、阑尾脓肿、输卵管及卵巢炎或脓肿、结肠憩室脓肿、盆腔脓肿等。