① 诊断只看“培养基变色”
对衣原体和溶脲脲原体感染，需要经过细菌培养、分离并观察到相应的衣原体和溶脲脲原体菌落，这是最可靠的确诊方法。 而不是简单地看到“培养基变色”，因为一些杂菌也含有脲酶，亦可以使培养基变色。
② 衣原体和溶脲脲原体感染必须治疗
衣原体和溶脲脲原体其实是一种“条件性致病微生物”，没有必要一发现就“赶紧用药”，更没有必要使用昂贵的抗菌药“打吊针”。过度治疗不仅会给患者带来不必要的经济负担，更会使其产生心理压力。当尿道分泌物中衣原体和溶脲脲原体 《104 CCU/毫升，未出现临床症状时，一般不需要治疗，可进行随访观察;而当衣原体和溶脲脲原体 》104 CCU/毫升，或者出现感染症状时，需进行治疗。
③ 发现感染就滥用抗生素
非淋菌性尿道炎是完全可以治愈的，但应正规治疗。应遵循及时足量、规则用药的原则，根据不同病情、药物敏感试验结果等，合理选用相应的抗生素治疗。
治疗非淋菌性尿道炎以四环素类、大环内酯类药物为主，阿奇霉素、美满霉素是近年来常用的治疗本病的药物，它们的疗效较四环素高，有效率约90%以上。磺胺类、利福平对衣原体有效，对支原体无效。庆大霉素、新霉素、多粘菌素对衣原体无效。链霉素、壮观霉素对衣原体无效，对支原体有效。孕妇及儿童不宜用四环素、强力霉素、喹诺酮类药物，可选用红霉素。
④ 忽视合并症的治疗
如衣原体和溶脲脲原体合并淋球菌感染时，先采用青霉素、淋必治等治疗，再选用四环素、强力霉素、红霉素等有效治疗衣原体和溶脲脲原体的抗菌药物。
⑤ 忽视性伴侣的治疗
性伴侣有一方感染时，双方应同时检查治疗。
⑥ 忽视治疗期间应禁止性生活
治疗期间禁饮酒、劳累、熬夜、性生活。治疗痊愈后（各项指标转阴），一个月内仍应禁止性生活。如伴有并发症，则恢复性生活的时间应当再推迟。
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