卵巢巧克力囊肿的发生与早已进驻盆腔的异位子宫内膜有关。由此可见，预防卵巢巧克力囊肿的关键就在于如何避免子宫内膜异位症的发生，由此可从以下几方面采取预防措施：
1、女孩子青春期要避免受惊吓，以免导致闭经可形成溢流。
2、要注意自身保暖，避免感寒着凉，才能预防卵巢巧克力囊肿。
3、预防卵巢巧克力囊肿要注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常。
4、如已查出患有子宫内膜异位症，卵巢巧克力囊肿大于6cm以上者，在月经期或月经中期一定要注意保持情绪稳定，避免过度劳累，一旦囊腔内张力突然升高时，囊壁破裂，会形成急腹症。
5、月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动，才能预防卵巢巧克力囊肿。
6、尽量少做人工流产和刮宫，做好计划生育，是预防卵巢巧克力囊肿最有效的方法之一。
7、月经期要做好自身的保健，注意控制自己的情绪，不要生闷气，否则会导致内分泌的改变。
8、预防卵巢巧克力囊肿，月经期一定要禁止性生活。