在正常情况下，子宫内膜是生长在子宫腔内的，如果盆腔内长有子宫内膜，每个月也有一次月经样出血。这些血液成年累月积聚，便形成囊肿。血液浓缩成粘糊状，像巧克力样颜色，故称巧克力囊肿，实际上是子宫内膜异位症。这种囊肿，最容易发生在卵巢上，所以又叫卵巢巧克力囊肿。
卵巢巧克力囊肿好发于30－40岁的女性。其产生的原因是月经期子宫内膜碎片脱落，由于引流不畅，不能全部从阴道排出，少量碎片经输卵管向盆腔倒流。又因为卵巢和输卵管的开口处较近，使内膜碎片种植在卵巢表面和输卵管周围，这样就发生了巧克力囊肿。凡是影响经血排出体外造成经血倒流的因素，如阴道闭锁、宫颈口狭窄、多次人流后宫颈粘连、经期性交以及经期使用阴道棉塞未及时更换等，均可使脱落的子宫内膜碎片向卵巢处逆流，从而发生巧克力囊肿。
发生巧克力囊肿后可有痛经、经血量改变、性交痛和不孕等症状。这种痛经服止痛片无效，并呈进行性加重。经血量的改变，既可表现为点滴状出血，也可经量增多。性交痛易被误诊为性交恐怖症或阴道痉挛症。由于输卵管粘连，还会造成不孕。所以，一个已婚的生育期妇女，若出现逐渐加重的痛经，还有性交痛和不孕，就应想到本病，去医院检查，千万不能麻痹大意。
由于卵巢巧克力囊肿破裂流至盆腔内的是陈旧积血，并非大量新鲜出血，除腹痛外，通常不会影响生命体征，不会出现休克。有人认为，既然不会危及生命，能否采取不手术的保守治疗，使患者免受手术之苦。其实，对巧克力囊肿的治疗要根据病人年龄、病情以及是否需要生育等情况来决定采用药物治疗还是手术治疗。