月经是指子宫内膜周期性变化随之出现的周期性子宫出血。正常月经的建立和维持有赖于下丘脑-垂体-卵巢轴的神经内分泌调节，以及靶器官子宫内膜对性激素的周期性反应，其中任何一个环节发生障碍就会出现月经失调，甚至导致闭经。
原发性闭经较为少见，往往由于遗传学原因或先天发育缺陷引起。
(1)米勒管发育不全综合征：约20%的青春期原发性闭经伴有子宫阴道发育不全。表现为始基子宫或无子宫、无阴道，而外生殖器、输卵管、卵巢发育正常，女性第二性征正常，30%患者伴肾畸形及12%患者伴骨骼畸形。这是由于副中肾管发育障碍引起的先天性畸形，可能系基因突变所致。
(2)性腺发育不全：占原发性闭经的35%。分为染色体正常或异常两类。
1)特纳综合征：因性染色体异常引起，缺少一个X染色体或其分化不完全。核型为X染色体单体(45，X0)或嵌合体(45，X0/46XX或45，X0/47，XXX)。表现为卵巢不发育，原发性闭经及第二性征发育不良。患者身材矮小，常有蹼颈、盾胸、后发际低、肘外翻、胯高耳低、鱼样嘴等临床特征，可伴主动脉缩窄及肾、骨骼畸形。
2)单纯性腺发育不全
①46，XX条索状性腺：体格发育无异常，卵巢呈条索状无功能实体，内无生殖细胞和卵泡，子宫发育不良，外生殖器女型，第二性征发育差，人工周期治疗可有撤药性出血。
②46，XY条索状性腺：又称Swyer综合征。体格发育无异常，主要表现为条索状性腺及原发性闭经。由于Y染色体存在，患者在10-20岁时发生性腺母细胞瘤或无性细胞瘤的危险增高，诊断确定后应切除条索状性腺。
(3)对抗性卵巢综合征：由于卵巢的胞膜受体缺陷，不能对促性腺激素产生反应，于是不能分泌激素，不能负反馈抑制垂体。临床特征是卵巢形态饱满，内有多数始基卵泡及少数初级卵泡，第二性征不发育，出现闭经及促性腺激素升高。
(4)雄激素不敏感综合征：又称睾丸女性化完全型。为男性假两性畸形，染色体核型为46，XY，性腺为睾丸，但未下降而位于腹腔内或腹股沟。睾酮水平虽在男性范围，由于胞浆缺乏睾酮受体，故睾酮不发挥生物学效应，但睾酮仍能通过芳香化酶转化为雌激素，故表型为女型，至青春期虽乳房隆起丰满，但乳头发育不良，乳晕苍白，阴毛、腋毛稀少。睾丸又能分泌米勒管抑制因子，故阴道呈凹陷状，子宫及输卵管缺如。
(5)低促性腺素性腺功能减退：其中最常见者是Kallmann综合征。是由于下丘脑GnRH分泌缺乏或不足引起。临床以低促性腺激素、低性激素为特征，主要表现为青春期延迟，无月经来潮，无性征发育，而女性内生殖器分化正常。常伴有嗅觉障碍及先天性耳聋。