妊娠在孕28周前自然终止,称为流产。一次妊娠发生流产的几率是15%。发生一次流产的女性不应该有太重的思想负担，这种情况下医生也不会建议进行全面系统的检查。但是如果连续发生自然流产3次或3次以上，这就称为复发性自然流产，必须系统检查，明确流产的原因。
引起复发性自然流产的病因比较复杂，近20年来一直是研究的热点。一般认为对于孕12周前发生的早期自然流产,常见原因多为染色体异常、黄体功能不全、免疫因素等；而对于孕12-28周之间发生的晚期自然流产的常见原因多为子宫畸形、宫颈内口松弛、全身性疾病等。有近半数的复发性自然流产目前尚无法明确病因。
遗传因素
染色体异常是引起复发性自然流产的常见病因。在早期妊娠自然流产中,核型异常的发生率高达50%-60%。自从1962年报道了复发性自然流产夫妇与染色体异常有关以来，流产夫妇的染色体异常引起医学界的广泛关注，已有较为广凡深入的研究。夫妇双方及流产物染色体检查也被列为常规检查。夫妇染色体检查发现核型异常发生率在3%-10%之间。常见的异常有：异位（44%），嵌合体（48%），缺失或到位（8%）。
对于染色体异常携带导致的流产目前尚无有效治疗方法，仅能进行产前遗传学咨询和诊断。对于常染色体平衡易位和非同源性罗泊逊异位携带者，从理论上讲均有分娩正常核型及携带者婴儿的机会，对这些夫妇应当做产前检查，确保生育正常的婴儿。而对于医学上建议不宜生育的夫妇不应勉强。另一种情况是夫妇双方染色体都正常，但是配子形成和胚胎发育过程中出现了染色体异常。例如女性年龄大于35岁，卵子老化，易发生染色体不分离，导致染色体异常。精液异常，如大头畸形的精子多数为二倍体，受精后形成多倍体胚胎导致流产。不良环境如有毒化学物质、放射线、高温等也可引起胚胎染色体异常。
内分泌因素
多发性自然流产20%-25%是由于内分泌异常引起的，其中早期流产常见原因为黄体功能不全。
黄体功能不全：卵巢黄体分泌孕酮，孕酮不足会导致子宫内膜发育不良，妨碍孕卵植入及早期胚胎发育。在妊娠8周以前，孕酮的主要来源是妊娠黄体。妊娠8周以后，胎盘滋养细胞才逐渐代替黄体成为孕酮的主要来源。如果在8周前孕酮不足,将导致流产。对于孕早期黄体功能不全的孕妇可以给予外源性孕酮如黄体酮，人绒毛膜促性腺激素替代，直至胎盘形成。我们在临床上，常常使用西药、中药结合治疗，效果比较理想，中药常常使用促排卵胶囊等。
高泌乳素血症：泌乳素抑制黄体功能，使黄体期变短，孕酮不足，同时，还可以影响子宫局部正常泌乳素水平，影响胚胎发育，造成流产。对于确诊为高泌乳素血症的患者，应在医生指导下应用溴隐亭等药物治疗；对于症状明显的，可以结合中药加以调理。
子宫内膜异位症：子宫内膜异位症患者自然流产率较高,大约30%左右。导致流产原因及机制复杂。治疗上需要进行综合治疗，如果检查抗子宫内膜抗体阳性、CA-125阳性，应该治愈后再怀孕，防止出现类似的情况，以免给身体造成不必要的伤害。
多囊卵巢综合征：大约有40%的多囊卵巢综合征患者发生复发性自然流产,主要是由于伴发高泌乳素血症、黄体功能不全、雌激素水平低、卵质量差、子宫内膜异常等。该病可以进行相关的治疗，应该在没有问题的情况下生育。
甲状腺功能障碍和糖尿病：该类疾病也可以导致习惯流产。一旦有多次流产的病史，应该进行系统检查，在排除了相关疾病之后怀孕。
解剖因素
解剖因素包括先天性子宫发育异常，如幼稚子宫、单角子宫、双角子宫、子宫纵/横隔,宫腔粘连，黏膜下子宫肌瘤，息肉，宫颈机能不全等。引起流产可发生于孕早期（着床部位血运不足）或孕中期（子宫结构缺陷、容受性异常、血供不足）。对于多数解剖因素引起的复发性自然流产，都可以施行针对性手术。尤其是单纯宫颈机能不全者，适时选择行宫颈内口环扎术效果很好。
感染因素
女性生殖道多种病原体感染均可导致流产，常见的有支原体、衣原体、弓形体、淋球菌、李斯特菌、单纯疱疹病毒、风疹病毒、巨细胞病毒及原虫。这些病原体的检查基本包括在了常规的TORCH 五项检查中。这些感染，大多没有明显的症状，怀孕之前应该进行相关的检查，以防止出现意外。
免疫因素
正常妊娠过程中,胚胎具有父亲1/2遗传物质的同种异体自然移植物，为了保证胚胎不被母体排斥，母体免疫功能发生许多变化,包括形成主要由特异性免疫抑制物质（如封闭抗体，抑制性T细胞等）和非特异性抑制因子，共同组成的免疫系统。各种免疫因素有机协调，共同维持妊娠。当免疫因素中某一环节出现异常均导致多发性自然流产。目前常见的可检测的免疫异常包括：母体封闭抗体缺乏，血清中某些自身抗体，如抗心磷脂抗体、抗核心抗体，抗甲状腺抗体。血型不合，抗精子抗体阳性等。
全身性疾病
严重的全身性疾病，如心血管疾病、肾病、血液病、急性传染病、某些性转播性疾病以及自身免疫性疾病都可以导致流产。
男性因素
以往这一因素常常被人们忽略，其实精液因素、精液不液化、精子畸形率高、精子活力低、精子凝集重等男性因素都可以引起流产。一旦发生该类疾病的时候，应该做这方面的检查，不要把责任都推给妻子。
原因不明
尽管医学目前比较发达,但仍有40%的多发性自然流产无法查出病因。相信随着医学技术的进步，可以逐渐被人们认识。反复性流产给孕妇及其家人带来得心理负担是沉重的。其实即使发生了多发性自然流产也不应过分担心。因为多发性自然流产并非不治之症，即使不做任何治疗也有正常分娩的可能。一次自然流产后，再次妊娠发生自然流产机率为24%，2次后为26%，3次后为32%。即使连续4次自然流产,再次妊娠正常分娩的可能为55%。这也是国际上用多发性流产取代原有的习惯性流产的原因。因为习惯性流产容易使人误解为流产是不可避免的，给患者带来更大的精神压力。多发性自然流产患者应当与医生配合，积极寻找流产原因。在医生指导下更安全地渡过妊娠期，分娩健康可爱的宝宝。