闭经的原因可根据月经发生的生理过程分为5大类。
(1)子宫原因。也叫子宫性闭经。是因子宫有问题而引起的闭经，例如先天性无子宫、子宫发育不良，或儿童期间疾病累及子宫内膜，发生了粘连或瘢痕，虽然卵巢功能很好，女性特征发育正常，但五月经。月经初潮以后患病，例如子宫内膜结核、子宫内膜血吸虫病、子宫内膜化脓或刮宫时刮掉了子宫内膜基底层，不能对卵巢激素发生反应而发生继发性闭经。
(2)卵巢原因。也称卵巢性闭经。正常月经的发生，是由于卵巢分泌的激素作用于子宫内膜，使之发生变化，然后脱落、出血而形成。如果卵巢不能分泌激素，则子宫内膜不发生变化，月经将自然停止，例如先天性卵巢发育不良、卵巢早衰等。这种原因的闭经，常伴有女性特征发育不良或特征退化现象，如乳房变平等。
(3)垂体原因。称垂体性闭经。脑垂体位于大脑的下方，体积很小，但统帅着全身的内分泌器官，当垂体功能变化时，卵巢功能降低。常见的脑垂体病变是肿瘤和垂体功能低下症。
(4)中枢神经系统原因。中枢神经系统包括大脑和下丘脑，它们统帅着脑垂体的活动，间接控制卵巢功能。当中枢神经受刺激时，卵巢功能变化而引起闭经。如失恋、丧失亲人、工作失败时，可以突然闭经，下丘脑肿瘤时也可引起闭经。
(5)其它原因。这一类包括范围更广，例如全身性疾病、内分泌疾病、化疗期间、急剧消瘦以及多囊卵巢综合症等。
由此可见，闭经是很多疾病的一个症状，发生闭经后，首先应查清原因，然后再进行治疗。