青春期闭经，不论是原发性的，还是继发性的，都是不正常现象，需要查出原因，进行治疗。不过，在确定闭经之前，应该首先排除怀孕的可能性，因为怀孕以后也不来月经。
引起闭经的原因比较多，常见的有以下几种：
1、消耗性疾病
如重度肺结核、严重贫血、营养不良等特有的内分泌疾病，如“肥胖生殖无能性营养不良病”等;体内一些内分泌紊乱的影响，如肾上腺、甲状腺、胰腺等功能紊乱。这些原因都可能不来月经。但是这几种情况引起的闭经，只要疾病治好了，月经也就自然来潮。
2、生殖道下段闭锁
如子宫颈、阴道、处女膜、阴唇等处，有一部分先天性闭锁，或后天损伤造成粘连性闭锁，虽然有月经，但经血不能外流。这种情况称为隐性或假性闭经。生殖道下段闭锁，经过医生治疗，是完全可以治愈的。
3、生殖器官不健全或发育不良
有的人先天性无卵巢，或者卵巢发育不良，或卵巢损坏，不能产生雌激素和孕激素，因此，子宫内膜不能发生周期性的变化，也就不会出现子宫内膜脱落，所以也就没有月经来潮。也有的先天性无子宫，或子宫内膜发育不良，或子宫内膜损伤，即使卵巢功能健全，雌激素和孕激素的分泌正常，也不会来月经。
4、结核性子宫内膜炎
这是由于结核杆菌侵入子宫内膜，使子宫内膜发炎，并受到不同程度的破坏，最后出现瘢痕组织，而造成闭经。因此，得了结核性子宫内膜炎，应该及时治疗，不可延误。
5、脑垂体或下丘脑功能异常脑垂体能分泌促性腺激素。
促性腺激素有调节卵巢功能和维持月经的作用。如果脑垂体的功能失调，就会影响促性腺激素的分泌，进而影响卵巢的功能，卵巢功能不正常就会引起闭经。另外，下丘脑功能不正常也会引起闭经。引起下丘脑功能失调的原因很多，如精神刺激、悲伤忧虑、恐惧不安、紧张劳累，以及环境改变、寒冷刺激等。由下丘脑引起的闭经比较多见。
6、精神性厌食而消瘦是青春期闭经的重要原因之一。
有一些少女，害怕肥胖，一味地追求苗条动人，就尽量节制饮食，结果体重是降下来了，但随之全身营养不良，衰弱无力，贫血，月经由正常而变少，最后闭经，影响健康。我们知道，正常女性一到青春发育期，脑的底面有一个杏核大的脑垂体，会分泌大量的促性腺激素，促使卵巢成熟，出现排卵，而开始有了月经初潮，并逐渐有了规则的月经。这种促性腺激素是一种含糖的蛋白质。
缺乏蛋白质营养的人，就不能分泌足够的这种激素。科学家们用小动物做试验：证明在小动物长期挨饿之后，就会出现脑垂体功能衰退，不能分泌大量的促性腺激素，从而使这些小动物的卵巢等生殖器官萎缩，功能减退。人同样也是如此。医生们还发现，有些姑娘就是恢复了食欲，体重上升后仍会闭经多年，这是因为长期饥饿使脑垂体功能损伤后，一时不能立即恢复正常的分泌功能，其主管的卵巢也未能恢复。