有的男子发现性生活射精之后几分钟内肛门疼痛，不过这种疼痛并不严重，持续时间也有限，往往几分钟后自行缓解。尽管如此，他们总有种种紧张与不安，甚至减少或停止性生活。引起射精疼痛的种种器质性因素，这些病理改变可使与射精有关的肌肉过于兴奋，引起痉挛性收缩，并进而产生疼痛感。
分布到会阴部和外生殖器的皮肤与肌肉的躯体神经是来自第2－4骶神经的阴部神经。阴部神经除主要分支阴茎背神经外，还发出分布到肛门的皮肤和肛门外括约肌的肛门两性神经，此外还发出会阴神经分布于阴囊皮肤与会阴诸肌。由于肛门神经是阴部神经的分支之一，所以与射精有关的肌肉的痉挛性收缩所引起的疼痛也会扩散到肛门和会阴处。
出现性交射精后肛门疼痛时可考虑性交是否过频，使有关肌肉产生疲劳性疼痛；如果不是性交过频，有可能存在上述的造成射精疼痛的器质性因素，那末最好请专科医生进行详细检查并及时进行治疗为好。