子宫性闭经包括先天性无子宫、手术切除子宫及由于感染或多次刮宫损伤了子宫内膜基底层而发生的闭经;卵巢性闭经由于卵巢本身功能低下所致，包括先天性性腺不发育、卵巢早衰、手术切除卵巢及化疗放疗后卵巢受损;垂体及下丘脑性闭经除卵巢自身问题会引发性腺功能低下外，垂体或下丘脑功能障碍亦可导致卵巢功能低下而发生闭经。
子宫性闭经包括先天性无子宫、手术切除子宫及由于感染或多次刮宫损伤了子宫内膜基底层而发生的闭经。卵巢功能正常，性激素有正常的周期性分泌，因而有正常的排卵功能。先天性无子宫由先天性苗勒氏管发育不全所致，造成子宫、输卵管和阴道上段阙如。乳房等女性特征及外生殖器均可发育良好，外表及体态均不失女性魅力。她们有正常的求偶愿望和性要求，性欲正常。当然，因无子宫而不能生育。阴道发育不全或阙如会带来性交障碍，有些女子需婚前行阴道成形术(见先天性无阴道)，手术方式与质量会影响性交感受的满意度。心理因素有时会影响这类患者的性活动及性感受。因发现自己生殖器官的缺陷而心情压抑、悲观，怕男方不理解，对性生活缺乏勇气和信心。在性活动中不能放下这一沉重的心理包袱，因而不能集中于性感受，影响性高潮。亦有不少患者在生育和性爱方面与丈夫互相理解，努力协调，同样实现了美满的夫妻生活。因感染或过度刮宫破坏了子宫内膜所致的闭经多数为继发闭经，其预后与内膜受损的程度及范围有关。若大面积受损，月经则难以恢复，亦不能再生育。有些形成宫腔粘连，会出现周期性腹痛。B超看宫腔有否积血有助于诊断。此时可探宫腔分离粘连，排出积血。为防止再粘连，可同时放置宫内避孕器2--3个月，如经血已通畅，择期取环。这类患者卵巢功能正常，多数曾有正常性生活及妊娠经历。闭经对其性欲及性交生理影响不大，一般不造成障碍。若对闭经及不育过度焦虑，可能会影响性活动中的心理状态。
卵巢性闭经由于卵巢本身功能低下所致，包括先天性性腺不发育、卵巢早衰、手术切除卵巢及化疗放疗后卵巢受损。观察发现，这类患者儿童期的性行为和娱乐兴趣与正常女孩无明显差别。成人后，虽部分病人的性欲正常，但更多的人有中度到严重的性欲减退，这主要是心理社会因素的反映，而非单纯生物学因素影响。躯体发育异常和女性特征的缺乏，可能会影响对异性的吸引，亦会产生心理上的自卑。生殖道发育不成熟，阴道浅小会带来性交困难或疼痛。对先天性性腺不发育的女孩青春期开始用雌激素替代治疗能促进乳房和生殖器的发育，周期性用药可来月经。这不但使患者心理状态有所改善，对性活动质量和性感受亦有明显的促进作用，提高了作为女性的自信。虽不能生育，但若能正确面对现实，并得到丈夫理解，同样可有美满婚姻及和谐的性生活。卵巢早衰指妇女在40岁以前月经停止来潮，且垂体促性腺激素达绝经水平，故又叫早绝经。发病机理尚不清楚，可能与自家免疫反应过强，促性腺激素分子结构异常或卵巢对促性腺激素不敏感有关，亦可能由于遗传因素使卵母细胞贮备减少或卵泡闭锁加速而导致早绝经。与绝经后妇女一样，卵巢和生殖道萎缩，血中雌二醇水平低落。如全身健康状况良好，卵巢早衰患者不一定会有性欲减退及性高潮能力的丧失。但由于生殖器萎缩，阴道分泌物减少，会发生性交不适或疼痛。补充女性激素可增加阴道腺体分泌，改善性交时的润滑作用。虽曾有卵巢早衰患者偶尔排卵的零散报道，绝大多数患者因已无卵子而不能再自然受孕。