自慰本身并不会直接导致月经紊乱，但是自慰却有可能引起女性的紧张、自责、恐惧等心理，在这样的心理作用下，会妨碍卵巢功能，于是经血增多或经期延长。倘若女性精神与心理状态比较稳定，即使自慰也未引起过多的恐惧与紧张，就不会由此诱发月经不调；反之，女性既有自慰，又恐惧、自责、紧张、焦虑、害怕自慰的“心理作用”十分显着，干扰了大脑皮层“司令部”，有时难免也会诱发月经不调。
女性痛经很常见，虽然自慰不会直接引发痛经，但是自慰却会导致痛经加剧。痛经与子宫过度倾屈、子宫颈口狭窄等造成经血不能畅流有关。也有较新的学说认为，痛经的发生与前列腺素的物质有关。女性经血中前列腺素含量较高，可引起子宫肌肉痉挛收缩而致痛。大量资料表明，无论自慰与否，女性发生痛经司空见惯。因此不能认为自慰是诱发痛经的一个因素。不过值得注意的是，自慰一旦促发性兴奋及至性高潮时，也会造成子宫一定程度的收缩。所以在月经来潮时自慰，有加重痛经程度的可能。
自慰是一种正常的性行为，适度自慰是有益的。但是人们观念中根深蒂固的影响，曾经对自慰的那种错误认知，不是一下子就能消除的。有些女性正是由于对自慰抱有不正确的认识，认为自慰是一种不道德，见不得人的下流行动，从而背上了沉重的包袱。长时间的精神压力，会使大脑皮层处于持续兴奋状态，易出现疲劳，表现为注意力不集中，思维迟缓，反应迟钝等现象，若不能及时得到调整，最终出现神经衰弱、内分泌失调等。