泌尿生殖道感染支原体后，引起的疾病男性为非淋菌性尿道炎，女性主要为非淋菌泌尿生殖道炎。男性表现为尿道刺痒、烧灼感和排尿困难，少数有尿频。尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，部分病人无症状。女性表现为白带增多，尿道灼热或引起盆腔炎，输卵管炎等而引起不孕，流产和宫外孕。
支原体、衣原体感染人体后，首先侵入柱状上皮细胞并在细胞内生长繁殖，然后进入单核巨噬细胞系统的细胞内增殖。由于支原体、衣原体在细胞内繁殖，导致感染细胞死亡，同时尚能逃避宿主免疫防御功能，得到间歇性保护。支原体、衣原体的致病机理是抑制被感染细胞代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫。
当人体感染支原体、衣原体后，产生特异性的免疫，但是这种免疫力较弱，持续时间短暂，因此，支原体、衣原体感染容易造成持续，反复感染，以及隐性感染。细胞免疫方面，大部分活动性已治愈的衣原体患者，给予相应的抗原皮内注射时，常引起迟发型变态反应。这种变态反应可用淋巴细胞进行被动转移。此种免疫性很可能是T细胞所介导。体液免疫方面，在支原体、衣原体感染后，在血清和局部分泌物中出现中和抗体。中和抗体可以阻止衣原体对宿主细胞的吸附，也能通过调理作用增强吞噬细胞的摄入。
支原体、衣原体在女性生殖道最常见的侵犯部位是子宫颈，由此而上蔓延可引起子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔炎，也可引起急性尿道炎和前庭大腺炎。孕妇如有支原体、衣原体感染，分娩时胎儿经过产道可引起新生儿眼炎和肺炎。
妇女感染支原体、衣原体后，不一定会出现症状，即使有症状，也因感染部位的不同而有所不同，例如子宫颈感染后可出现宫颈糜烂、宫颈黏膜水肿、白带增多（呈脓性）、接触性出血等，输卵管感染可引起下腹痛、腰痛和不育。一般来说，这些症状均无特异性。
支原体、衣原体可通过性接触，还可通过手、眼、毛巾、衣物、浴器、便具和游泳池等传播。与多人发生性关系、男方有尿道炎、卫生习惯差等都容易感染。因此，预防感染的关键是洁身自爱，搞好个人卫生保健。