1.免疫因素。约占20%，在血中可以检出卵巢抗体，这类患者常常合并其他自身免疫性疾病如红斑狼疮、类风湿关节炎，先天性体中缺乏一种酶。
2.细胞遗传学因素。先天性生殖细胞数少，卵泡闭锁加速，X染色体异常，10%患者有家族史。
3.物理因素。如手术、化疗、感染等导致促性腺激素分泌缺陷或促性腺激素受体或受体后缺陷。
4.特发性卵巢早衰。患者无明确原因，染色体正常，性激素测定血FSH（卵泡刺激素）、LH（黄体生成素）升高，E2（雌激素）低下，PRL（泌乳素）正常。患者不仅雌激素缺乏，还有潜在的卵巢雄激素分泌不足，或肾上腺产生甾体激素能力轻度缺陷，腹腔镜检查多见小卵巢或萎缩性卵巢。
卵巢早衰的治疗
无生育要求者采取激素替代治疗，治疗越早越好，雌激素治疗越早卵巢功能恢复的可能性越大，1%的患者可以恢复月经，治疗可以减轻绝经期症状，预防骨质疏松。
有生育要求者采用雌激素替代治疗及诱导排卵。需要指出的是卵巢早衰并非不可逆转，仍有可能自然缓解。排卵和妊娠，多发生在治疗期间或治疗后。
雌激素，尤其天然雌激素作为一种替代治疗，在国外已经应用了40余年，作为一种成熟的药物，其显著的治疗效果毋庸置疑。但是，近年来的研究表明雌激素的确不如人们曾经期望的那样好，而且可以肯定地是它对乳腺癌、子宫内膜癌有不良影响，对心脑血管疾病也无好的作用。因此，其主要的作用仍然应该定位在提高生活质量，预防骨质疏松，改善更年期症状上。
常用的雌激素替代治疗药物品种繁多，如倍美力等，用药需要向专业的妇科医生咨询后再考虑应用与否及应用多久。