阴道栓剂使用不当会延误治疗，甚至使病情加重。
使用方法要正确：使用阴道栓剂时，要洗净双手及会阴部(可用1/5000～1/8000的高锰酸钾溶液清洗会阴部);屈腿仰卧;从包装中取出阴道栓，将其固定到辅助送入的器械上，利用器械缓缓地、尽可能深地(但不应因此而引起任何不适)将栓剂送入阴道，抽出器械，然后保持卧姿数分钟后(最好15分钟)，方可起身。
用药疗程要充足：使用阴道栓剂要严格遵照医嘱，并且治疗后还应化验阴道分泌物。经治疗后即使化验结果正常，也应在下次月经干净后继续用药一个疗程。只有连续三次化验结果均正常，才能称痊愈。切不可因为症状缓解了，就虎头蛇尾，如果不彻底治愈，病情就容易复发，还会使细菌耐药，影响疗效。
用药后保持卫生：要保持外阴的清洁、干燥，防止交叉感染。患者内裤宜宽大透气，每天更换。如果是滴虫性阴道炎、霉菌性阴道炎等，不仅要夫妻同治，还要注意内裤每天要消毒。女性在治疗期间其配偶亦应同时用药清洗外阴，最好禁欲，如同房应使用避孕套，以防止交叉感染。有些栓剂会配有一根卫生棉条防止药液外流，使用后要及时取出，以防止卫生棉条在阴道内放置时间过长，造成新的感染。
最好是睡前使用：阴道栓剂宜在晚上临睡前使用，这样能使药物在睡眠期间充分分解，直接作用于局部，如果白天使用，易使药物经阴道流出，既污染内裤，又不能使药物充分接触病变部位。