性交疼痛往往代表着一种严重的心理情感障碍，虽然性欲低下也会造成性交疼痛，但更多、更经常的恐怕还是内心和人际因素的复合产物。在这种情形下，治疗显然应以性治疗为主(即心理治疗加上行为治疗)，兼顾妇科检查和专科的特殊治疗，此外，婚姻治疗也有其特别的效果。从人际关系角度说，需要检查性交疼痛给双方和婚姻关系带来的影响。所以单纯依靠标准的妇科治疗措施往往不容易收到明显的效果，至于那些声称除了性关系有问题之外别的什么都好的夫妇，特别要警惕其中潜在的尚未为他们自己所认识到的其他方面的冲突，反之也常见整天争吵不休的夫妻潜在着种种难言的、严重的性问题，争吵正是性冲突的外在表现形式，只不过双方都不敢也不愿正视这一问题罢了。有关性交疼痛的主诉往往会使医生忽视或误解她们存在的其他方面的真正困难。
只有充分认识到性和谐和性相容性重要性的夫妻才会具有较好的预后，他们往往会注意到与建立令人满意的和舒适的性关系有关的许多其他方面的问题。由于性治疗在西方的兴起与日益普及，西方国家的许多夫妻纷纷自行处理和解决他们的程度较轻的性功能障碍，所以目前临床上所见到的性功能障碍要比十几或二十几年前复杂得多。但在国内的情况则恰恰相反，许多夫妻缺乏最基本的性知识，遇到问题又讳疾忌医，结果只能长期默默忍受疾病的折磨，因此在临床工作中向病人进行基本的性教育似乎是很必要的，它是开展正式治疗之前的必修课，医生从问题的发生顺序，对病人自己和对伴侣的影响、就诊前病人寻求过哪些帮助等问题都可以看出病人对所存在障碍的理解程度，也就是说病人对性障碍病因病理有无认识。
治疗常常涉及最大限度地减少并发的器质性因素，如使用包括局部麻醉剂在内的使交感神经紧张释放缓解的药物。一旦获得一定程度的舒适与缓解就可以采用治疗阴道痉挛时经常用的阴道松弛训练方法。它指的是让病人在充分松弛的情况下向阴道内插人手指的作法，如果插入导致不适或疼痛就停止下来继续放松，然后再插入，如果训练很顺利，可尝试插入2指或3指，直至真正性交时也不会引起疼痛为止。
还应告诉病人心理因素在性反应中的重要影响，比如阴道的润滑和阴道管的扩张与延伸都不可避免地要受到心理因素的影响。如果妇女尚未唤起就发生性交，自然会给她们带来某种不适或疼痛，但大多数情况下它尚不会造成严重疼痛。如果一旦同时存在某种局部疾患，过度焦虑之类的心理因素，或既往遭受过消极的或痛苦的经历时，过早过深的插入便会给妇女带来疼痛和心理伤害。也可以说先有致痛的疾患或消极的经历，然后对所发生的问题越来越失去控制，于是性反应减弱，焦虑则不断加重，最后形成恶性循环。一般来说器质性因素容易使疼痛集中在某个固定的区域，而心理因素造成的疼痛则具有飘乎不定的游走性和时轻时重的特点，当然，心理因素有时也可使疼痛点固定，需要注意鉴别。