多由于遗传学原因或先天性发育异常，如处女膜闭锁引起，临床少见。但目前临床上也发现有一部分原发『生闭经是由于多囊卵巢综合症引起。
继发性闭经发病率比原赞幽-才]经高10倍，其发病机理较复杂，一般分为下丘脑性闭经、垂体性闭经、卵巢性闭经、子宫性闭经。常见原因有以下几种：
精神过度紧张、环境改变；减肥、营养不良；运动过度；药物，如镇静药、避孕药、皮质激素等均可引起闭经。
其他内分泌系统失调，如甲状腺功能异常、肾上腺功能亢进等也可引起闭经。
闭经女性中约有1／5体内泌乳素增高，即所谓闭经泌乳综合症。约有5％的继发闭经是由雄激素水平过高引起的。近年来临床上多囊卵巢综合症、卵巢功能低下引起的闭经比例在逐年上升，近期内可引起闭经、不孕，长期影响还包括高血压、糖尿病、子宫内膜癌等疾病危险l生增加。
子宫内膜结核、多次刮宫造成的子宫内膜减少或宫腔粘连也是造成闭经的原因，因此年轻的女性朋友应慎重对待，不要将流产作为避孕方法。
闭经的诊断是一个复杂过程。对于原发性闭经应观察有无乳腺发育，阴毛、腋毛是否发育，如果第二性征发育2年仍无月经，应注意有无生殖道的畸形，如果第二性征无发育或发育不良，应排除染色体异常的可能。