子宫性闭经包括先天性无子宫、手术切除子宫及由于感染或多次刮宫损伤了子宫内膜基底层而发生的闭经。卵巢功能正常，性激素有正常的周期性分泌，因而有正常的排卵功能。先天性无子宫由先天性苗勒氏管发育不全所致，造成子宫、输卵管和阴道上段阙如。
阴道发育不全或阙如会带来性交障碍，有些女子需婚前行阴道成形术(见先天性无阴道)，手术方式与质量会影响性交感受的满意度。心理因素有时会影响这类患者的性活动及性感受。因发现自己生殖器官的缺陷而心情压抑、悲观，怕男方不理解，对性生活缺乏勇气和信心。
性活动中不能放下这一沉重的心理包袱，因而不能集中于性感受，影响性高潮。亦有不少患者在生育和性爱方面与丈夫互相理解，努力协调，同样实现了美满的夫妻生活。因感染或过度刮宫破坏了子宫内膜所致的闭经多数为继发闭经，其预后与内膜受损的程度及范围有关。若大面积受损，月经则难以恢复，亦不能再生育。
B超看宫腔有否积血有助于诊断。此时可探宫腔分离粘连，排出积血。为防止再粘连，可同时放置宫内避孕器2--3个月，如经血已通畅，择期取环。这类患者卵巢功能正常，多数曾有正常性生活及妊娠经历。闭经对其性欲及性交生理影响不大，一般不造成障碍。若对闭经及不育过度焦虑，可能会影响性活动中的心理状态。
卵巢性闭经由于卵巢本身功能低下所致，包括先天性性腺不发育、卵巢早衰、手术切除卵巢及化疗放疗后卵巢受损。观察发现，这类患者儿童期的性行为和娱乐兴趣与正常女孩无明显差别。成人后，虽部分病人的性欲正常，但更多的人有中度到严重的性欲减退，这主要是心理社会因素的反映，而非单纯生物学因素影响。