垂体性闭经由于垂体器质性病变或功能失调，影响促性腺激素的分泌，从而影响卵巢功能引起闭经。
垂体器质性病变
垂体器质性病变有3种情况：垂体肿瘤增大可压迫具有分泌促性腺激素功能的细胞;垂体放疗或手术后，脑外伤、颅内炎症等可破坏垂体组织;产后大出血可造成垂体血供障碍而有缺血坏死。这3种原因均可使垂体分泌促性腺激素减少而致闭经。
垂体肿瘤可发生于蝶鞍内或外，可因机械性压迫或因肿瘤本身的异常功能导致闭经、性机能减退及其他有关症状，如视野障碍、头痛、泌乳和肢端肥大症等。发生在青春期前的垂体肿瘤可导致原发闭经，因垂体受损引起功能不全，较常见于产后大出血伴休克、严重的产后感染或弥漫性血管内凝血时，致垂体前叶缺血坏死，随之出现功能减退、闭经。
原发性垂体功能失调
这种情况临床上比较罕见，患者卵巢有始基卵泡，但因垂体分泌促性腺激素低下，卵泡不能生长发育，闭经为原发性闭经，同时有内外生殖器官幼稚，第二性征不发育，细胞内性染色质为阳性，核型为46XX，用促性腺激素治疗有效。