有的男性射精时会出现阴茎、尿道、会阴、阴囊上方等处阵发性疼痛，这种疼痛称射精疼痛。引起射精痛的主要原因有：性生活过频、生殖器炎症（精囊炎、前列腺炎、后尿道炎等）、泌尿系结石、泌尿系肿瘤等，大多为生殖器官的器质性病变所致。
1、性生活过频繁
过频的性生活，常会引起输精管、精囊及尿道器官产生无菌性炎症，致使这些器官充血水肿。射精时，由于平滑肌收缩，而刺激这些充血的器官，引起疼痛。
性生活过于兴奋、动作强烈粗暴亦可造成射精痛。
性交次数过频、新婚纵欲过度，尤其是白天性交后，会阴部或阴囊内酸痛。
2、生殖器官肿瘤
男性泌尿生殖器官的恶性肿瘤，大多会引起射精疼痛。如睾丸、附睾、前列腺等处发生肿瘤时，压迫或阻塞射精管道，射精时会发生疼痛。
不过，其疼痛性质较为缓和，多是隐痛和酸痛。精囊，输精管等处发生肿瘤的机会虽然不多，但病变的进展多为隐匿性。因此，这种疼痛应引起重视。
3、生殖器官炎症
男性下尿路感染是导致射精疼痛最常见的原因。
患有膀胱炎、尿道炎、前列腺炎，射精时，这些器官的肌肉发生节律性收缩，对炎症病灶是一种机械刺激，以致引起剧烈疼痛。有的患者还会发生疼痛性遗精。
4、男性尿道结石
男性尿道结石是常见，当小的结石嵌在后尿道，尤其嵌在射精管的开品部位，射精时这些部位收缩和蠕动，挤压结石而产生疼痛。如前列腺或精囊有结石，射精时这些部位收缩也会产生疼痛。
5、其他疾病
患有阴茎硬结症的人，房事时阴茎勃起会疼痛，射精时加重。
患尿道狭窄的人，精液排出不畅，尿道企图强行挤出精液，也会引起疼痛。
男性泌尿系结核，尿道息肉等亦会造成射精疼痛。
6、心理因素
一些人性格也好，或者因为性生活的一些失败也好，或者是一些工作精神压力等等，造成了过于为射精好坏而焦虑，诱发了会阴部肌肉的痉挛性收缩，特别紧张，这是一种心理因素所造成的。
另外也有一些阴茎的头部特别的敏感，在手触动龟头的时候，有一种疼痛感，应该说也和心理因素有一定的关系。
还有一些人是神经官能状，他的思想想到哪一个地方就容易造成疼痛。有的人头痛，一会儿就感到脑子疼，这跟心理因素有关系。